该片由立川让(《零的执行人》)执导,樱井武晴编剧,聚焦柯南、灰原哀与黑暗组织之间的纠葛。在园子的邀请下,柯南与少年侦探团一起访问了八丈岛。柯南潜入设施内后,发生了一名女性工程师被黑衣组织绑架的事件,她所拥有的记录某个信息的USB被落入组织手中。而此时身在八丈岛的灰原哀身边,也正有黑影在悄悄靠近。此外,两位制片人菲尔·罗德和米勒还确认:片中乐高蜘蛛侠宇宙片段由14岁的美国男孩普雷斯顿·穆坦伽制作,他是利用春假在家制作完成。早前这个孩子利用业余时间重制乐高版《蜘蛛侠:纵横宇宙》预告,引起了两位制片人的注意。